DNA提取前处理方法对太岁里层样品中 细菌种群结构的影响

• 作者: 李慧 李聪 王世清 王朝江 高春燕
• 来源期刊: 河南农业大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 太岁 里层样品 DNA提取前处理 细菌种群结构
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 生命科学
• 页码范围: 896-902
• 页数: 7页
• 分类号: Q938
• 字数: 6467字
• 语种: 中文

摘要

为了评价不同DNA提取前处理方法对太岁里层样品中细菌种群结构的影响,并解析优势结构,对太岁里层重复取样,在提取细菌DNA前,分别施以水浸提(SI1)、浸提后热溶解(SI2)、直接热溶解(SI3)3种不同前处理,同时与微孔滤膜过滤相结合,在高通量测序后以操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)为基础深度分析细菌种群结构.结果表明,SI1、SI2和SI3的Shannon指数分别为2.96、3.10和3.08,OTU数目分别为891、964和1095个,共有OTU 313个,其序列之和占总序列的96.02％.细菌种群在各分类水平上的数目互有差别,SI1最少,优势种群高度集中于假单胞菌属(Pseudomonas)和不动杆菌属(Acinetobacter),所占比例之和超过60％.其中,假单胞菌属独占42.30％～56.35％,较之前研究结果变化最大.OTU的分布和丰度在不同取样位置间不均衡.3种前处理方法测得的细菌结构近似,但以SI3测得的假单胞菌属中丰度最高OTU,在总序列中所占比例最高,为41.14％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高春燕	河北省农林科学院遗传生理研究所	36	75	5.0	7.0
2	王朝江	河北省农林科学院遗传生理研究所	47	135	6.0	10.0
3	李慧	河北省农林科学院遗传生理研究所	15	6	2.0	2.0
4	王世清	河北省农林科学院遗传生理研究所	4	1	1.0	1.0
5	李聪	河北省农林科学院遗传生理研究所	2	0	0.0	0.0