山羊椎间盘退变相关基因Sox9密码子偏爱性分析

• 作者: 于晶晶 吴占勇 吴春富 孔建军 徐增年 李祥龙 马建青
• 来源期刊: 家畜生态学报
• 学科: 农学
• 关键词: 山羊 椎间盘退变基因 Sox9基因 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 科学研究
• 页码范围: 14-21
• 页数: 8页
• 分类号: S811.5
• 字数: 5277字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-1182.2019.12.003

摘要

为了明确Sox9基因密码子的使用特征,揭示山羊和其他物种Sox9基因的进化规律,为建立骨科腰椎间盘退变动物模型提供基础研究试验依据,此研究利用生物信息学软件CodonW、Usage Codon和DNAMAN分析山羊Sox9基因完全编码区密码子偏爱性,比较不同物种Sox9基因密码子偏爱指标,基于完整编码区序列生成了亲缘关系进化聚类图,计算出每个物种Sox9基因的总变异值.分析显示山羊Sox9基因中有26个偏好使用密码子以G/C为第三位碱基;夜猴、家犬、原鸡、大猩猩、人、恒河猴、小家鼠、家兔、绵羊、黑猩猩、婆罗洲猩猩和褐家鼠等12个物种在密码子使用上与山羊Sox9基因基本相似,但是在编码丙氨酸、脯氨酸和苏氨酸等个别氨基酸时,原鸡和小家鼠及褐家鼠与其他物种的密码子偏爱性存在差异.Sox9基因偏好使用以G/C结尾的密码子.亲缘关系进化聚类图和不同物种RSCU值显示Sox9基因密码子偏好性与亲缘关系的远近存在关联性.