利用数据分析法研究吗啡用于新生小鼠应激后治疗对小鼠海马基因表达的影响

• 作者: 赵威
• 来源期刊: 哈尔滨医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 吗啡 数据分析 海马
• 年，卷（期）: 2019,（3）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 243-247
• 页数: 5页
• 分类号: R742.1
• 语种: 中文

摘要

目的 利用生物信息学技术深入分析吗啡用于新生小鼠应激后治疗对小鼠海马基因表达的影响.方法 本文miRNA-mRNA(miRNA-lncRNA)数据来自starbase V2.0,吗啡作用于创伤应激后小鼠海马的表达谱数据来自GEO,基因重注释序列来自Affymetrix,比对的人类lncRNA和mRNA编码转录本来自GENCODE数据库.通过整合starbase,GENCODE数据库和基因表达谱数据,生成了包含miRNA、lncRNA、mRNA的三元网络.提取吗啡作用于创伤应激后小鼠海马相关的lncRNA-mRNA二元网络,并进一步对二元网络进行模块分析和随机游走,寻找潜在疾病基因的lncRNA.结果 本研究共筛选出1184个差异表达基因.其中,上调基因719个,下调基因465个;差异表达基因主要涉及mRNA转运、细胞蛋白定位的阳性调控,信号通路调节的调节等方面;pathway通路分析发现最显著的10个富集通路;t检验结果发现2个核心lncRNA:Tug1和Gm42572,随机游走的结果发现4个mRNA:L2hgdh、Dctn5、Tmem165和Zc3h11a.基因信号网络分析发现核心信号通路主要涉及mRNA转运,蛋白质碘化,细胞蛋白定位的阳性调控等.结论 吗啡对创伤应激后小鼠海马的影响涉及多个信号通路和生物学过程.利用生物信息技术手段可以有效挖掘吗啡对小鼠海马的作用机制,为后期研究提供参考.