基于基因芯片的TNF-α 诱导骨关节炎细胞模型生物信息学分析

• 作者: 孙宾莲 宋文剑 胡松 袁发浒 黄丽霞 黄念芳
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 骨关节炎 转录组 软骨细胞 基因芯片 肿瘤坏死因子α 小鼠
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 53-60
• 页数: 8页
• 分类号: R-33
• 字数: 4081字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7856.2019.07.009

摘要

目的 骨关节炎(osteoarthritis,OA)是最常见的退行性慢性关节疾病,然而其具体的基因机制至今尚不完全清楚,通过基因芯片检测OA细胞模型的基因表达谱变化,为深入研究OA发病机制提供更多生物学依据.方法 胰酶结合胶原酶分离获得小鼠原代软骨细胞,以50 ng/mL的肿瘤坏死因子 α(TNF-α)孵育原代软骨细胞24 h制备OA细胞模型.收获细胞提取总RNA用于基因芯片检测,以表达差异倍数(fold change,FC)>2且P<0.01为条件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),利用生物信息学软件对差异表达结果 进行基因功能分类体系(gene ontology,GO)、KEGG通路注释分析.结果原代软骨细胞经TNF-α 处理后,共筛选获得8096个表达上调DEG和6413个表达下调DEG,其中有诸如基质金属蛋白酶、炎性因子、基因凋亡及成骨相关基因等已知的OA相关的差异表达基因.此外,还有Olfml1等olfactomedin超家族成员、Nf1等未见报道的与OA相关的基因,尤其发现大量细胞色素超家族成员基因的异常表达,提示线粒体相关功能基因及信号途径可能与OA进程有重要关联.结论 项目从转录组水平整体分析了TNF-α 诱导的OA软骨细胞模型基因表达谱变化,为进一步深入探究OA发病机制提供了新思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	宋文剑		29	84	5.0	7.0
2	胡松		18	90	4.0	9.0
3	黄念芳		20	93	5.0	9.0
4	黄丽霞		21	65	4.0	7.0
5	袁发浒		13	10	2.0	3.0
6	孙宾莲		2	0	0.0	0.0