基于Illumina高通量测序的马来熊(Helarctos malayanus)粪便菌群多样性初探

• 作者: 刘群秀 袁耀华 裴恩乐
• 来源期刊: 野生动物学报
• 关键词: 马来熊 粪便菌群 Illumina测序 Miseq
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 882-889
• 页数: 8页
• 分类号: Q935
• 语种: 中文

摘要

应用新一代高通量测序技术Illumina Miseq对上海动物园3只马来熊的12个粪便样本中的菌群结构及其多样性进行检测和分析.样中共检测到884522条序列,共检测到15个菌门,主要有7个优势菌门,按照多样性高低依次是:厚壁菌门(Firmicutes)(54.70％)、 变形菌门(Proteobacteria)(41.90％)、 梭杆菌门(Fusobacteria)(1.80％)、 蓝藻菌门(Cyanobacteria)(0.70％)、 放线菌门(Actinobacteria)(0.20％)、 拟杆菌门(Bacte-roidetes)和未定门(TM7).粪便样本中能够确定到菌属的序列占73.10％,以链球菌属(Streptococcus),大肠杆菌/志贺菌属(Escherichia-Shigella)和梭状杆菌属(Clostridium)为优势菌属.3只马来熊粪便菌群多样性比较:LS02粪便菌群多样性最高,其次是LS01,和LS03.结论:马来熊粪便菌群存在个体差异,但同一个体的优势菌群组成非常相似,年龄和性别可能会对马来熊粪便菌群产生影响.