缢蛏新品种"申浙1号"ScHsc70基因SNPs筛查与耐高温性状的关联性分析

• 作者: 任泓妤 孟德龙 李家乐 沈和定 牛东红 申奔龙 薛宝宝
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 缢蛏 HSP70基因 单核苷酸多态性 耐高温 连锁不平衡
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 页码范围: 2439-2448
• 页数: 10页
• 分类号: Q785|S968.31
• 字数: 5368字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11964/jfc.20181111527

摘要

为获取缢蛏ScHsc70基因单核苷酸多态性位点与耐高温性状的相关性,通过直接测序方法克隆了ScHsc70基因全长序列,长度为4048 bp,包括6个内含子和7个外显子,编码区1950 bp,从其外显子区域筛查到6个潜在的SNPs,分别命名为Rs1(g.588 C>T)、Rs2(g.840 C>T)、Rs3(g.885 T>A)、Rs4(g.1233 A>G)、Rs5(g.1467 T>G)、Rs6(g.1482 T>C).利用Sanger测序方法,对缢蛏新品种"申浙1号"耐高温群体和对照组群体潜在SNPs进行基因分型,遗传多样性分析结果显示,两个群体的多态信息含量(PIC)值在0.1112～0.3718之间,对照组群体的平均多态信息含量(0.2670)高于耐高温群体的平均多态信息含量(0.2365).ScHSc70基因SNPs与耐热性状关联分析结果显示,Rs1、Rs3和Rs4的基因型频率和等位基因频率在对照组和耐高温群体之间存在显著性差异;单倍型连锁不平衡分析结果显示,ScHsc70基因SNPs可形成2个单倍体块,7种单倍型,其中CCT单倍型与耐高温性状显著相关;本实验发现,Rs2和Rs3处于连锁状态(r2=0.86,LOD=25.56,Dx=1.0),可以作为缢蛏与耐高温遗传育种的SNP标签.综上所述,Rs1、Rs3、Rs4和单倍型CCT均可作为缢蛏耐高温遗传育种的候选辅助分子标记,为后续的抗逆性相关SNPs筛选与功能验证奠定了理论基础.