扁秆荆三棱不同组织混合样品的转录组分析

• 作者: 宁宇 张曼胤 武高洁 王义飞 郑彦超
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 扁秆荆三棱 高通量测序 转录组 基因注释 SSR
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 74-81
• 页数: 8页
• 分类号: Q78|S54.03
• 字数: 6019字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.201751606

摘要

扁秆荆三棱是一种常见的稻田杂草,旨在补充其转录组信息,为相关防治工作提供支持.基于高通量测序技术,在Illumina Solexa HiSeq 2000平台上对扁秆荆三棱的茎、叶、根茎和球茎的混合样品进行转录组分析.经拼接组装共获得了59788个Unigene,序列的平均长度842 bp,N50为1402 bp.将获得的Unigene与5个通用公共数据库(NR、Swiss-Prot、KEGG、GO、KOG)进行比对(Evalue<1e-5),35221条Unigene获得了基因注释,占总Unigene的58.91％.在12823个Unigene中共搜索到9698个SSR位点,其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型占所有SSR位点的95.93％.通过KEGG pathways分析,共有13141个Unigene参与了291个代谢通路,获得了扁秆荆三棱淀粉合成功能相关Unigene 60个,根茎生长功能相关Unigene 14个.其中赤霉素相关基因、核糖体代谢通路等反映了地下根茎网络系统的扩张趋势以及活跃的能量需求,淀粉合成基因则说明其球茎中的营养储备开始于地下系统扩张的早期,这些发现为深入研究地下根茎网络调控机制,或杂草防治或湿地保护等实践工作提供了参考.