基于RAD-seq技术开发灵宝杜鹃多态性SSR标记

• 作者: 周晓君 张凯 押辉远 李方玲 王俞娜 王海亮
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 杜鹃属 简单重复序列(SSR) 简化基因组测序 遗传保护
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 55-62
• 页数: 8页
• 分类号: S685.21
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.01.006

摘要

灵宝杜鹃(Rhododendron henanense subsp,lingbaoense)隶属杜鹃花科(Ericaceae)杜鹃属,是河南特有物种,因分布范围狭窄、自然更新能力差等原因,种群规模日益缩小,对其进行系统研究与保护日益迫切.为开发用于灵宝杜鹃保护遗传学研究的简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记,本研究采用RAD-seq (restriction-site associated DNA sequencing)技术对灵宝杜鹃进行简化基因组测序,并进行SSR搜索与引物设计.在组装的120 970个基因序列中共检测到6 107个SSR位点,二核苷酸基序类型所占比例最高,数量为3 848个,占位点总数的63.01％;其次是三核苷酸,有765个,占位点总数的12.53％.利用Primer Premier 3.0软件对这些SSR位点成功设计出3 843对引物.随机选取合成100对引物,在20个灵宝杜鹃个体中进行验证,有87对可扩增出目的条带.利用Cervus 3.0软件,对挑选出的15对多态性较好的SSR位点进行分析,多态位点信息含量介于0.463～0.893之间,平均值为0.649;其中,高度多态位点有13个,未检测出哈迪-温伯格平衡偏离的位点有15个.本研究为开展基于灵宝杜鹃及杜鹃属植物SSR分子标记的相关研究提供了数据支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	押辉远	洛阳师范学院生命科学学院	55	168	7.0	9.0
2	周晓君	洛阳师范学院生命科学学院	19	41	4.0	5.0
3	张凯		3	4	1.0	2.0
4	王海亮		2	4	1.0	2.0
5	李方玲	洛阳师范学院生命科学学院	1	4	1.0	1.0
6	王俞娜	洛阳师范学院生命科学学院	1	4	1.0	1.0