增强型稀疏后缀数组索引的高错误率reads比对

• 作者: 钟诚 韦好
• 来源期刊: 小型微型计算机系统
• 学科: 工学
• 关键词: 序列比对 增强型稀疏后缀数组 索引 最大精确匹配
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 其他
• 页码范围: 1804-1808
• 页数: 5页
• 分类号: TP301
• 字数: 5349字
• 语种: 中文

摘要

生物序列比对有助于定位序列之间的相似区域.测序技术的快速发展需要序列比对算法能够灵活地处理更长且错误率更高的reads序列.通过增强型稀疏后缀数组对参考序列建立索引,自适应地调整种子的最小长度,寻找参考序列与reads序列之间的最大精确匹配和超大精确匹配,以此进行种子扩展,提出一种改进的long-read比对算法.与已有代表性的算法相比,模拟和真实数据实验结果表明,本文算法在获得基本相同精确度的前提下,召回率明显提升,敏感度总体上更高,且能够识别更多的reads序列.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	钟诚	广西大学计算机与电子信息学院广西高校并行分布式计算技术重点实验室	195	1023	14.0	21.0
2	韦好	广西大学计算机与电子信息学院广西高校并行分布式计算技术重点实验室	1	0	0.0	0.0