基于李府贡枣转录组测序的SSR和SNP特征分析

• 作者: 仇鹏辉 刘茂 周军永 孙其宝 朱淑芳 陆丽娟
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 枣 转录组 SSR SNP 特征分析
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 51-54
• 页数: 4页
• 分类号: S665.101
• 字数: 4650字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.04.011

摘要

为了简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)和单核苷酸多态性标记(single nucleotide polymorphism,SNP)开发等研究,以李府贡枣不同处理枣果实的转录组序列为基础,分析了转录组数据中SSR和SNP位点的分布.结果表明:转录组数据共获得了226488条contig序列,其中有42570条unigene在数据库中得到注释.利用鉴定简单重复序列的软件(MIcroSAtellite identification tool,MISA)进行SSR位点的搜索,共得到18016个SSR位点,SSR位点的出现频率为0.43个/kb.SSR位点共包含164种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(6942个,38.44％),其次是AG/CT类型为主的二核苷酸重复(6113个,33.85％)和以AAG/CTT为主的三核苷酸重复(4242个,23.49％),四核苷酸重复、五核苷酸重复和六核苷酸重复基本相同.在转录组得到的unigene中共发现SNP位点163360个,发生频率为1/254 bp,6种单核普酸变异中以Transition类型的A/G和C/T发生频率最高,分别为总数的30.80％和30.49％;其他4种Transversion类型的SNP为C/G、G/T、A/C和A/T,分别占到总数的9.83％、9.78％、9.78％和9.32％.其中Transition类型显著高于Transversion类型,在转换类型中A/G和C/T发生频率基本一致,但以A/G发生频率略高.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙其宝	安徽省农业科学院园艺研究所	91	573	13.0	19.0
2	陆丽娟	安徽省农业科学院园艺研究所	53	276	9.0	14.0
3	刘茂	安徽省农业科学院园艺研究所	29	78	5.0	7.0
4	周军永	安徽省农业科学院园艺研究所	36	97	5.0	8.0
5	朱淑芳	安徽省农业科学院园艺研究所	7	12	2.0	3.0
6	仇鹏辉	安徽省农业科学院园艺研究所	8	14	2.0	3.0