基于SNP标记的广东省松材线虫种群分化研究

• 作者: 丁晓磊 叶建仁 奚晓桐 黄金思
• 来源期刊: 南京林业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 松材线虫 高通量测序 SNP 聚类分析 广东省
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 专题报道
• 页码范围: 25-31
• 页数: 7页
• 分类号: S763
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2006.201903007

摘要

[目的]运用SNP标记研究中国广东省松材线虫虫株SNP位点多样性,从分子角度探讨广东省不同地区松材线虫种群的亲缘关系,为松材线虫病的疫源追溯提供基础.[方法]收集来自于广东省各地区松材线虫虫株共30株,提取DNA并进行基因组重测序;利用生物信息学软件分析广东省松材线虫的SNPs位点信息及基因型类型,依据以上信息进行种群聚类分析.[结果]对30株松材线虫虫株SNPs数据进行统计分析,发现GD01、GD09、GD12、GD20、GD22、GD24、GD25这7株虫株的SNP数量、纯合子数量都明显少于其余23株虫株;对基因型类型进行统计分析发现,以上7株虫株出现频率较高的基因型为A->G、C->G、G->C、T->C;其余23株虫株则是A->G、C->T、G->A、T->C这4种基因型出现的频率较高.而通过主成分和聚类分析可将这30株虫株分为3类.[结论]广东省松材线虫种群遗传多样性较高,聚类分析表明其具有不同的传播来源.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	叶建仁		7	68	3.0	7.0
2	黄金思		2	1	1.0	1.0
3	奚晓桐		1	0	0.0	0.0
4	丁晓磊		1	0	0.0	0.0