基于生物信息学探讨弓形虫ROP16Ⅰ对A549细胞表达谱的影响

• 作者: 乔霞 刘学雷 杨宁爱 苏雅静 贾伟 赵志军
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: ROP16 弓形虫 表达谱 生物信息
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 疾病防治
• 页码范围: 957-963,972
• 页数: 8页
• 分类号: R382.5|R52
• 字数: 4034字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2019.00.150

摘要

目的 采用生物信息学对ROP16 1基因转染的A549细胞株的表达谱芯片结果进行数据挖掘,寻找影响Ⅰ型弓形虫疾病的差异表达基因,为揭示Ⅰ型弓形虫疾病的发病机制提供依据.方法 通过生物信息学方法对过表达ROP161的A549细胞株的表达谱进行研究,从中筛选差异表达基因.将得到的数据导入在线分析工具ToppGene和STRING中对差异表达基因进行筛选,同时进行GO分析及KEGG分析.结果 本研究共获得了483个差异表达基因,其中上调的基因共有252个,下调的基因共有231个.ToppGene最终筛选得到CCL8、CXCL11、PIAS1及EIF2AK2等14个Ⅰ型弓形虫相关的基因.GO分析和KEGG分析发现,这些候选基因与白介素IL-10、IL-4、IL-13信号通路,细胞因子-细胞因子受体相互作用通路及Toll样受体信号通路等相关.在蛋白-蛋白互作网络中,这14个候选基因恰好处于网络的最核心位置.结论 Ⅰ型弓形虫疾病的发生可能与CCL8、CXCL11、PIAS1及EIF2AK2等基因密切相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	贾伟	宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室	97	459	12.0	14.0
5	赵志军	宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室	66	264	9.0	12.0
9	刘学雷		8	3	1.0	1.0
10	杨宁爱		7	2	1.0	1.0
11	乔霞	宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室	4	0	0.0	0.0
12	苏雅静	宁夏医科大学总医院宁夏临床病原微生物重点实验室	4	1	1.0	1.0