基于叶球转录组数据比较的甘蓝杂种优势分析

• 作者: 姜娇 张恩慧 李升娟 石汶汶 许忠民 郭佳
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 甘蓝 杂种优势 转录组分析 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1079-1092
• 页数: 14页
• 分类号: S635.1
• 字数: 10083字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16420/j.issn.0513-353x.2018-1040

摘要

对甘蓝两个杂交组合F1的杂种优势进行了田间性状统计分析以及叶球转录组测序分析.所调查的9个园艺学性状中,单球质量和球主叶柄质量在F1代及其亲本之间差异显著,其中单球质量的中亲优势和超亲优势在两个组合F1中表现突出,即产量杂种优势较为明显.通过叶球转录组分析,分别筛选获得了4组差异表达基因,在相同标准下,两个杂交组合中父本与F1代的差异表达基因明显多于母本与F1代的差异表达基因,表明母本的表达谱与F1更相似,即母本在F1叶球杂种优势形成中的贡献较大,而且上调差异表达基因的差异倍数明显高于下调差异表达基因,表明上调基因在F1代甘蓝叶球杂种优势建成中有重要作用.进一步将差异表达基因进行GO(Gene ontology)分类、COG (Cluster of orthologous groups of proteins)分类、KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析以及可变剪接分析,发现差异表达基因显著富集到生长发育、碳水化合物转运和代谢、信号转导以及氨基酸的合成、转运和代谢等途径.随机选取7个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,结果与RNA-seq数据基本一致,证明转录组数据的可靠性.本研究中获得的与甘蓝叶球杂种优势形成相关的差异表达基因,为后续甘蓝杂种优势分子机制研究提供数据支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张恩慧	西北农林科技大学园艺学院	93	448	11.0	16.0
2	许忠民	西北农林科技大学园艺学院	75	437	11.0	16.0
3	石汶汶	西北农林科技大学园艺学院	3	4	1.0	1.0
4	郭佳	西北农林科技大学园艺学院	8	24	3.0	4.0
5	李升娟	西北农林科技大学园艺学院	3	10	2.0	3.0
6	姜娇	西北农林科技大学园艺学院	5	3	1.0	1.0