基于转录组测序技术挖掘大豆蛋白质合成相关基因

• 作者: 刘兵强 刘茜 史晓蕾 张孟臣 杨春燕 王凤敏 赵宝华 赵青松 邸锐 郭静文 闫龙
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 蛋白质含量 转录组测序 差异表达基因 荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 61-73
• 页数: 13页
• 分类号: S565.03|Q78
• 字数: 9027字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.201751206

摘要

通过转录组测序技术挖掘蛋白质合成相关基因,为解析蛋白质合成机制奠定基础.以遗传背景相近但蛋白含量差异较大的大豆高蛋白品系冀HJ117(蛋白质含量52.99％)及其回交亲本冀豆12(蛋白质含量46.48％)为研究材料,利用转录组测序技术和生物信息学分析,以期挖掘大豆籽粒蛋白质合成相关基因.通过对转录组数据中冀HJ117和冀豆12差异表达基因的分析筛选,共得到336个差异表达基因,其中冀HJ117较冀豆12有195个上调表达基因,141个下调表达基因.通过GO功能富集分析,发现在分子功能类型中注释的差异基因主要与催化和连接等功能相关;KEGG显著富集分析发现差异表达基因主要富集在蛋白质内质网合成途径中,该途径共筛选到34个差异表达基因,其中33个基因在冀HJ117中表达量较高.从该途径中筛选出9个候选基因,采用荧光定量PCR方法检测其表达量,表达趋势与RNA-Seq检测结果基本一致,证实了RNA-Seq数据的可靠性.RNA-Seq测序结果获得了与蛋白质合成相关基因的基本信息,蛋白质内质网合成途径可能是冀HJ117与冀豆12蛋白质含量产生差异的重要通路.