基于GEO数据库芯片探索miRNA参与肝纤维化的潜在机制

• 作者: 张巨波 郑雅慧 黄翀
• 来源期刊: 肝脏
• 关键词: 肝纤维化 微小RNA 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1381-1386
• 页数: 6页
• 字数: 3210字
• 语种: 中文

摘要

目的 探讨生物信息学分析miRNA参与肝纤维化的潜在机制.方法 通过GEO数据库获取小鼠肝纤维化miRNA芯片GSE19865及GSE66278数据,利用数据库软件GEO2R筛选差异miRNA.取两组芯片中同时上调的miRNA为研究目标,通过在线工具TargetScan及microT-CDS分析靶基因,取同时被两款软件预测到的基因进行功能分析.结果 GEO2R分析显示GSE19865芯片中miRNA上调37个,下调0个;GSE66278芯片中miRNA上调19个,下调18个;两组芯片中表达均上调的miRNA为mmu-miR-802.TargetScan及microT-CDS同时预测到的靶基因共有138个.通路分析显示这些靶基因主要参与线粒体生成,TGF-beta信号通路,组蛋白赖氨酸甲基化,Toll样受体信号传导等;生物学过程分析提示靶基因主要参与组蛋白赖氨酸甲基化,碱基转运,Wnt及钙调通路,JUN激酶活化,基因表达的昼夜调控,葡萄糖饥饿的细胞应答,蛋白类泛素化修饰,脂肪组织发育及细胞对氨基酸刺激的应答等.蛋白相互作用分析显示YWHAE、PPP2CA、RHOA、FOS、PSMD2、CDK19、ATF2、PAFAH1B1为调控网络中的关键基因.结论 miR-802参与肝纤维化的发生,其机制可能与miR-802靶向YWHAE、PPP2CA、RHOA等基因进而调控组蛋白甲基化等生物学过程相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张巨波	复旦大学附属华山医院感染科	9	26	3.0	4.0
2	黄翀	复旦大学附属华山医院感染科	9	26	3.0	5.0
3	郑雅慧	复旦大学附属华山医院感染科	1	0	0.0	0.0