棒瑚菌子实体不同发育时期的转录组分析

• 作者: 丁祥 侯怡铃 唐贤 宋志强 朱淼 董明明
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 棒瑚菌 RNA-Seq测序 差异表达基因 代谢通路
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 119-129
• 页数: 11页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0233

摘要

旨为研究棒瑚菌子实体幼菇期(CP-1)和成熟期(CP-2)基因表达的差异,探索棒瑚菌在生长发育过程中的关键基因和关键代谢通路.采用RNA-Seq测序技术对棒瑚菌子实体进行测序并进行生物信息学分析.测序结果显示,共获得8.78 G(CP-1)和8.28 G(CP-2)的分析数据(Clean reads).KOG功能注释和GO富集分析显示新陈代谢过程、细胞和细胞组分以及氧化还原酶活性是棒瑚菌子实体发育过程中的关键基因门类.基因表达水平分析结果显示,多酚氧化酶、核糖体、糖苷水解酶家族等基因为棒瑚菌子实体幼菇期(CP-1)和成熟期(CP-2)的主要高表达基因,在蛋白质和细胞壁合成中起重要作用.差异表达基因分析结果显示氧化磷酸化和三羧酸循环是棒瑚菌子实体幼菇期(CP-1)生长发育的关键代谢途径,且环境含氧量对棒瑚菌的生长发育有重要影响;同时棒瑚菌成熟期(CP-2)调节一碳化合物浓度和应对各种环境胁迫的分子机制发生了改变.KEGG通路富集结果显示,MAPK信号通路是参与调节棒瑚菌子实体生长发育的关键信号通路,在调控菌丝的极性生长、细胞周期和真菌细胞形态转换中起重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁祥	西华师范大学环境科学与工程学院	35	65	5.0	7.0
2	宋志强	西华师范大学生命科学学院西南野生动植物资源保护教育部重点实验室	7	2	1.0	1.0
3	朱淼	西华师范大学生命科学学院西南野生动植物资源保护教育部重点实验室	7	2	1.0	1.0
4	唐贤	西华师范大学生命科学学院西南野生动植物资源保护教育部重点实验室	7	2	1.0	1.0
5	董明明	西华师范大学生命科学学院西南野生动植物资源保护教育部重点实验室	1	1	1.0	1.0