拷贝数变异全基因组关联鉴定猪骨率性状候选基因

• 作者: 侯欣华 刘欣 张跃博 张龙超 王立刚 王立贤 颜华
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 拷贝数变异 骨率 全基因组关联 猪
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 2208-2214
• 页数: 7页
• 分类号: S828.2
• 字数: 4740字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.11.004

摘要

旨在挖掘影响猪骨率性状的全基因组范围内的拷贝数变异(copy number variations,CNVs),并对其所覆盖的基因的作用模式及机理进行研究.本研究利用基于测序深度的CNVcaller软件对大白×民猪F2群体的拷贝数变异进行检测,利用TASSEL软件中的混合线性模型(mixed-linear model,MLM)对骨率性状进行基因组关联分析;查找数据库对CNVs所覆盖基因进行深入分析,利用RNA重测序对75日龄大白猪腿软骨中4个显著CNVs的表达进行检测.结果 表明,在F2代群体中,共检测到3 027个CNVs,其中,共有1 251个为缺失,987个为多拷贝,789个为缺失和多拷贝均存在.与骨率在基因组水平相关的CNVs共有4个,均位于7号染色体.4个变异中,有两个未与任何基因重叠.显著性最高的CNV4与骨髓分化相关标记(MYADM)基因重合.对75日龄猪腿软骨基因的表达研究发现,在后腿软骨中仅CNV2的表达丰度较高,推测CNV2通过影响其内部基因的表达量影响骨率,CNV4可能在胚胎发育期起调控作用.综上所述,本研究成功鉴定出影响猪骨率性状的4个CNVs,其中,CNV2和CNV4为影响骨率性状的主效CNVs,推测CNV2通过影响其内部基因的表达量影响骨率,CNV4可能在胚胎发育期起调控作用并最终影响骨率.本试验为今后骨率性状的调控机理研究奠定了理论基础,为猪骨率性状的育种提供了参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王立刚	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	83	2141	23.0	45.0
2	王立贤	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	90	755	17.0	24.0
3	张龙超	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	28	202	6.0	14.0
4	颜华	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	38	359	11.0	18.0
5	侯欣华	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	5	5	2.0	2.0
6	刘欣	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	20	125	6.0	11.0
7	张跃博	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	4	8	2.0	2.0