鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB双基因缺失株相关耐药基因的RNA-seq分析

• 作者: 张瑞良 徐军 李琳 李锐 王文静 王瑞 赵霞 高海侠
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 鼠伤寒沙门菌 baeSR acrB RNA-Seq 相关耐药基因
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 76-84
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2019-0464

摘要

应用转录组测序技术(RNA-seq)筛选鼠伤寒沙门菌baeSR和acrB相关的靶基因,为鼠伤寒沙门菌耐药机制的深入研究奠定基础.采用RNA-seq技术分析baeSR和acrB基因缺失后表达量变化的相关耐药基因,通过GO富集和KEGG通路探索其主要功能,qRT-PCR验证部分差异基因.以|log2(Fold Change)|>1且q value<0.005为条件,其中以CR△acrB和CR为比较组,共筛选到1320个差异表达基因,894个下调,426个上调;以CR△baeSR△acrB和CR为比较组,共筛选到1377个差异表达基因,972个下调,405个上调.GO富集分类结果显示差异基因主要集中在跨膜运输、细胞黏附、纤毛或鞭毛运动等功能;KEGG数据库显示,差异基因主要富集在代谢途径、ABC转运系统、双组份信号转导系统、鞭毛组装、β-内酰胺抗性等通路.其中,ompR、csgD、fliA、fliG可通过调节细菌生物膜形成能力调控其对多种抗生素的耐药性;emrA、mdtC、yejE属于外排泵相关基因,可介导细菌对黏菌素、新生霉素等的耐药性;STM3031可赋予沙门菌头孢曲松抗性;pmrF可参与调节细菌对多粘菌素的抗性.鼠伤寒沙门菌acrB和baeSR基因缺失可影响相关耐药基因的表达.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李琳	安徽农业大学动物科技学院	37	343	9.0	18.0
2	王瑞	安徽农业大学动物科技学院	42	100	7.0	8.0
3	赵霞	安徽农业大学动物科技学院	16	104	4.0	10.0
4	李锐	安徽农业大学动物科技学院	14	20	2.0	4.0
5	徐军	安徽农业大学动物科技学院	9	13	2.0	3.0
6	高海侠	安徽农业大学动物科技学院	5	1	1.0	1.0
7	王文静	安徽农业大学动物科技学院	12	19	2.0	4.0
8	张瑞良	安徽农业大学动物科技学院	11	17	2.0	4.0