银屑病性关节炎的致病基因筛选及生物信息学分析

• 作者: 何剑戈 吴凯楠 夏群 李明昊 杨凯锐 贾栋
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 关节炎,银屑病 寡核苷酸序列分析 计算机生物学
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 17-20
• 页数: 4页
• 分类号: R684.3
• 字数: 3039字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2019.08.005

摘要

目的 筛选银屑病性关节炎(PsA)的致病基因,并对致病基因进行生物信息学分析.方法 选取美国生物信息技术中心(NCBI)的公共基因芯片数据(编号为GSE61281),通过R编程语言分析PsA患者外周血样本和对照组外周血样本的芯片数据,筛选差异表达基因,使用GLAD4U数据库与ToppGene数据库对差异表达基因进行优化和补充,筛选出PsA的致病基因.用DAVID和KOBAS3.0在线工具对致病基因进行富集分析,String数据库构建PsA致病基因的PPI网络,筛选PsA发病过程中的重点基因、主要生物过程及信号通路.结果 得到了与PsA发病密切相关的基因,差异表达基因中与PsA高度相关(得分较高且差异显著)的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1.GO富集分析结果显示,在免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程中富集的基因较多且较显著.KEGG分析显示,PsA致病基因主要富集的通路是细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等.筛选的PsA致病基因与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.结论 筛选出与PsA发病高度相关的基因为CXCL10、LYN、JAK1、CARD11、ANXA1,这些致病基因参与免疫反应、炎症反应、固有免疫反应、信号转导、对脂多糖的应答等生物过程,可能通过影响细胞因子与细胞因子受体相互作用、炎症性肠病等通路来发挥作用,并与TNF、IL1B、IL13、IL17A、CCL2、IL23R基因之间存在相互作用关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨凯锐		2	3	1.0	1.0
5	夏群		9	26	4.0	4.0
6	李明昊		3	1	1.0	1.0
7	吴凯楠		2	0	0.0	0.0
8	贾栋		2	0	0.0	0.0
12	何剑戈		1	0	0.0	0.0