基于转录组测序数据的山羊下丘脑组织繁殖相关信号通路及候选基因的筛选

• 作者: 吴至博 张小辉 施会彬 杨芳 王玉琴
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 河南槐山羊 下丘脑 转录组 信号通路 差异表达基因 速激肽
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 1380-1395
• 页数: 16页
• 分类号: S826.2
• 字数: 8169字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2019.07.007

摘要

旨在通过对不同光照时长条件下河南槐山羊下丘脑组织进行转录组测序和生物信息学分析,筛选出与山羊繁殖相关的信号通路及候选基因.本研究利用Illumina二代高通量测序平台(NGST),采用PE150测序策略,对经自然光照(8h光照:16 h黑暗)与人工光照(16h光照:8h黑暗)条件处理后的8只空怀母羊(每组各4只,平均年龄1周岁)下丘脑组织进行转录组测序,将组装得到的Unigene总数比对到参考基因组序列,进行差异表达基因分析、GO和KEGG富集分析以及候选基因筛选,并采用Real-time PCR方法对候选基因的相对表达量变化进行分析.结果 显示,RNA-Seq共得到了约4.4亿条reads,平均每个样本的reads数约为5 249万条;自然光照与人工光照2组DESeq分析得到448个差异表达基因,并富集在KEGG数据库中的241个信号通路,其中包括5个与繁殖相关的信号通路;3个速激肽家族候选基因(TACR1、TACR2和TACR3)显著富集在Calcium signaling pathway(钙离子信号通路,chx04020)通路;Real-time PCR分析结果显示,转录组测序结果可靠.综上表明,Calcium signalingpathway(钙离子信号通路,chx04020)与TACR1、TACR2和TACR3基因,可能在山羊繁殖过程中发挥着重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王玉琴		78	182	8.0	10.0
3	杨芳		42	107	4.0	8.0
4	吴至博		6	2	1.0	1.0
5	施会彬		7	3	1.0	1.0
8	张小辉		2	1	1.0	1.0