头颈部鳞癌转录因子调控网络及潜在靶点研究

• 作者: 张智颖 潘宗富
• 来源期刊: 中国药师
• 学科: 医学
• 关键词: 头颈部鳞癌 生物信息学 差异基因 转录因子 蛋白-蛋白相互作用网络
• 年，卷（期）: 2019,（9）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 1577-1583
• 页数: 7页
• 分类号: R730.261
• 字数: 4311字
• 语种: 中文

摘要

目的:研究头颈部鳞癌(HNSCC)的转录因子调控网络及潜在关键靶点.方法:利用基因表达综合数据库(GEO)联合GEO2R在线工具分析HNSCC与正常黏膜组织的基因表达差异;利用ClueGO进行差异基因功能注释及通路相互作用网络构建;基于相互作用基因/蛋白检索工具(STRING)数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,分析其关键网络节点和基因簇,并利用iRegulon插件进行转录因子调控网络构建并筛选关键转录因子;利用Kaplan-Meier Plotter分析关键转录因子与HNSCC患者预后相关性.结果:和正常黏膜组织相比,HNSCC组织共有168个基因(66个上调,102个下调)发生显著变化.这些差异基因与细胞外基质分解、胞外基质重塑、IL-17信号通路、胶原代谢过程、胞外基质-受体相互作用、细胞基质黏附的调控以及平滑肌细胞迁移调控等重要信号相关.蛋白-蛋白相互作用网络分析共筛选出两个关键基因簇.其中degree值排名前五网络节点MMP9,COL1A1,COL3A1,COL1A2,SPP1均聚集于基因簇2,且与胞外基质重塑或胞外基质-受体相互作用有关,但在HNSCC中的作用研究甚少.进一步针对上调及下调差异基因的转录因子调控网络分析共筛选出14个转录因子,其中仅有4个转录因子在HNSCC研究中有报道.Kaplan-Meier Plotter分析显示6个转录因子与HNSCC患者预后显著相关,另外4个转录因子与预后的相关性与患者性别相关.结论:本研究综合多种生物信息学手段揭示HNSCC发生发展的潜在转录因子调控网络,挖掘该网络中的关键基因簇及节点,并预测其与患者预后相关性,为HNSCC的发病机制及潜在治疗靶点发现提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张智颖	杭州市江干区人民医院药剂科	1	0	0.0	0.0
2	潘宗富		11	13	2.0	3.0