生物信息分析细粒棘球绦虫EgA31蛋白T细胞及B细胞的优势抗原表位

• 作者: 丁剑冰 安梦婷 庞楠楠 张峰波 李玉娇 王红英 赵骁 闫芳
• 来源期刊: 中国组织工程研究
• 学科: 医学
• 关键词: 细粒棘球蚴 包虫病 EgA31 生物信息技术 T细胞表位 B细胞表位 蛋白质二级结构 蛋白质三级结构 疫苗 优势抗原表位 组织构建
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 组织构建细胞学实验
• 页码范围: 1078-1083
• 页数: 6页
• 分类号: R446|R318
• 字数: 5267字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-4344.1001

摘要

背景:EgA31蛋白是参与成虫吸盘肌收缩的一类蛋白,是细粒棘球蚴绦虫保护性免疫中重要的候选疫苗分子.目的:应用生物信息学方法对细粒棘球绦虫EgA31蛋白进行分析,预测其可能的T细胞及B细胞优势抗原表位.方法:从GenBank中获取EgA31蛋白的氨基酸序列(GenBank登记号为AAC21558.1),利用ProtParam在线程序分析EgA31蛋白的分子质量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数、不稳定系数和总平均疏水性,DNAstar Protein模块、SOPMA在线服务器分析蛋白二级结构,Phyre的同源建模服务器预测其蛋白质三级结构,最后通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合预测细粒棘球绦虫EGA31蛋白的T细胞及B细胞的优势抗原表位.结果与结论:①EgA31蛋白由601个氨基酸组成,其中含有112个强碱性氨基酸,121个强酸性氨基酸,归类为不稳定且亲水性蛋白;②在线分析发现,EgA31蛋白的二级结构中α-螺旋约占82.36％,延长链约占4.16％,β-转角约占3.16％,无规则卷曲约占10.32％;③通过ABCpred、BepiPred、SYFPEITHI、IDBE等软件联合分析后预测了4段优势T细胞抗原、6段优势B细胞抗原以及1段T-B细胞联合表位;④生物学信息方法能较为全面地预测细粒棘球绦虫EgA31蛋白的优势T细胞及B细胞抗原表位,为进一步研制疫苗和检测试剂奠定了基础.