基于R语言的前列腺癌样本的关键基因数据挖掘

• 作者: 孙泽坤 胡建新 袁钱图
• 来源期刊: 智能计算机与应用
• 学科: 工学
• 关键词: R语言 数据挖掘 前列腺癌 关键基因
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 学术研究与应用
• 页码范围: 30-34,39
• 页数: 6页
• 分类号: TP311.13
• 字数: 3912字
• 语种: 中文

摘要

为寻找前列腺癌组织与正常前列腺组织的关键基因,从Gene Expression Omnibus (GEO)数据库下载前列腺癌样本基因表达谱数据集GSE69223.进行芯片标准化处理后设置阚值|log2 (FC) |＞2且pvalue ＜0.05筛选出差异表达的基因,选择其中高表达的41个基因进行GO和KEGG分析,得出8个关键基因:FFAR2、THBS4、TRPM4、CLDN3、CLDN8、HPN、PLA2G2A和FOLH1基因.再经UALCAN生存分析的到3个上调后患者生存可能性降低的基因:FFAR2、HPN和FOLH1.得出的8个关键基因主要富集在细胞趋化性、细胞-细胞连接、脂肪酸代谢等通路,这些通路与前列腺癌的发生发展有着密切联系.除文献已经报道的与前列腺癌有密切联系的基因外,研究推测:CLDN3、CLDN8和FFAR2基因可能与前列腺癌特别是处于T2、T3分期的前列腺癌有着潜在的联系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙泽坤	贵州大学医学院	3	0	0.0	0.0
2	袁钱图	贵州大学医学院	2	0	0.0	0.0
3	胡建新	贵州大学医学院	1	0	0.0	0.0