肝细胞癌关键基因的筛选及其临床意义

• 作者: 杨月 胡超力 赵学影 陆进
• 来源期刊: 山西医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肝细胞癌 无病生存 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 肝与肝病
• 页码范围: 879-888
• 页数: 10页
• 分类号: R735.7
• 字数: 3698字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13753/j.issn.1007-6611.2019.07.003

摘要

目的 通过生物信息学方法筛选对肝细胞癌(HCC)早期诊断、治疗和生存预后有显著意义的关键基因. 方法 利用GEO数据库在线分析工具GEO2R对3组HCC芯片GSE76427、GSE41804和GSE33006进行差异基因分析;利用DAVID数据库和String数据库对差异基因进行基因本体(GO)功能注释、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和蛋白互作(PPI)网络分析,再利用Cytoscape软件的CytoHubba插件的MCC算法,获取链接度最高的前10个基因;利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析10个基因对HCC患者的生存预后意义;利用cBioPortal数据库分析10个基因在HCC中基因共表达、基因突变、药物靶基因和生存预后情况,最终确定关键基因;利用UALCAN数据库验证关键基因在HCC患者的表达和生存预后情况. 结果 共得到235个差异基因,其GO功能分析显示差异基因的生物学过程(BP)主要富集在氧化还原过程、补体激活和药物反应等129个过程;细胞构成(CC)主要集中在细胞外区域、细胞外间隙和细胞外小体等229个部分;分子功能(MF)主要富集在单加氧酶活性、血红素结合和铁离子结合等72个功能.KEGG通路富集在代谢途径以及补体和凝固级联的55条通路.筛选出链接度高的前10个HUB基因AURKA、TOP2A、CDC20、UBE2C、KIF20A、CCNB2、PTTG1、NCAPG、ASPM和NUSAP1,其中AURKA和TOP2A的链接度最高,而且10个基因与HCC患者总体生存(OS)显著相关(P＜0.05);10个基因在HCC中存在基因共表达现象,并且均发生一定的突变,使HCC患者的OS和无病生存(DFS)时间显著缩短(P＜0.05);而AURKA和TOP2A也是目前研究药物的靶基因,是最终确定的关键基因,并且验证结果也显示AURKA和TOP2A在HCC中高表达,不利于HCC患者的生存预后情况. 结论 AURKA和TOP2A是HCC的关键基因,对HCC患者的早期诊断、治疗和生存预后具有重要的临床意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陆进	蚌埠医学院组织移植安徽省重点实验室	33	22	2.0	3.0
5	赵学影	蚌埠医学院组织移植安徽省重点实验室	7	14	2.0	3.0
9	胡超力		4	30	3.0	4.0
10	杨月	蚌埠医学院第一附属医院	10	18	2.0	3.0