不同修饰磁纳米颗粒提取DNA对HRM基因分型能力的影响探讨

• 作者: 尤崇革 张俊平 张敏 李凌霄 杨美娟 沈明辉 郜莉娜
• 来源期刊: 国际检验医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 磁固相萃取技术 高分辨熔解曲线 基因分型 检验性能 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 论著·临床研究
• 页码范围: 1293-1297
• 页数: 5页
• 分类号: R394.8
• 字数: 3446字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-4130.2019.11.003

摘要

目的 评价不同修饰基团的磁性纳米颗粒提取的基因组DNA对高分辨熔解曲线(HRM)进行SNP基因分型能力的影响.方法 以商品化硅基质吸附柱提法基因组DNA提取试剂盒为对照,评价二氧化硅(SiO2)、壳聚糖(CTA)修饰磁珠及四氧化三铁(Fe3 O4)裸核磁珠DNA的提取得率及纯度;针对rs12641369G＞A、rs3114018C＞A、rs2302515C＞G 3个SNP位点,分别取上述方法提取的DNA作为模板进行PCR-HRM检测;以Sanger测序作为“金标准”,评价检测的灵敏度和特异度;通过重复性实验评价其重复性和再现性.结果 4种方法DNA提取质量的比较结果显示,SiO2@Fe3 O4法提取得率与离心柱法相当,且差异无统计学意义(P＞0.05);CTA@Fe3 O4法及Fe3 O4法DNA提取得率均比柱提法低,差异有统计学意义(P＜0.01).灵敏度和特异度实验结果显示,除2例样本的熔解曲线均发生飘移接受复查外,其余标本3个位点均可直接基因分型;4种核酸提取方法的最终分型结果灵敏度和特异度均达到100％.批内和批间重复试验均显示重复性和再现性良好:柱提法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.6％～0.8％;SiO2@Fe3 O4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.5％～0.8％;CTA@Fe3 O4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在0.5％～0.8％;Fe3 O4法3个位点野生型与纯合突变型样本熔解峰Tm值的变异系数在1.2％～1.5％.结论 本研究自建的3种DNA磁珠法提取体系对PCR-HRM检测结果的影响很小,可对rs12641369G＞A、rs3114018C＞A、rs2302515C＞G 3个SNP位点进行常规化基因分型,且具备良好的检测性能,具有一定的临床应用价值.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张敏	兰州大学第二医院检验医学中心	32	61	5.0	7.0
2	沈明辉	兰州大学第二医院检验医学中心	8	17	3.0	3.0
3	郜莉娜	兰州大学第二医院检验医学中心	14	38	4.0	5.0
4	尤崇革	兰州大学第二医院检验医学中心	36	176	7.0	11.0
5	张俊平	中国科学院兰州化学物理研究所	25	499	11.0	22.0
6	杨美娟	兰州大学第二医院检验医学中心	5	4	1.0	2.0
7	李凌霄	中国科学院兰州化学物理研究所	3	1	1.0	1.0