绵羊不同发育阶段背最长肌组织中可变剪接的鉴定与分析

• 作者: 浦亚斌 赵倩君 马月辉 鲍晶晶
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 绵羊 可变剪接 差异剪接基因 RNA-seq
• 年，卷（期）: 2019,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 32-38
• 页数: 7页
• 字数: 4840字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13560/j.cnki.biotech.bull.1985.2018-1078

摘要

可变剪接(Alternative splicing,AS)是动植物体内蛋白质多样性和遗传多样性的重要调控机制.为鉴定和分析绵羊不同发育阶段背最长肌组织中可变剪接,对多浪绵羊妊娠90日龄胎儿(F90)、出生后30日龄羔羊(L30)和成年3岁羊(A3Y)的背最长肌组织进行转录组测序,利用rMATS软件鉴定样品中的可变剪接事件和差异剪接基因(Differential splicing gene,DSG),并对DSG进行GO和KEGG功能富集分析.结果表明,绵羊背最长肌组织在F90、L30和A3Y时期分别鉴定出13923、11959和12164个可变剪接事件,其中外显子跳跃(Skipped exons,SE)的比例最高,约为70.69％,5'端可变剪接位点(Alternative 5'splice sites,A5SS)、3'端可变剪接位点(Alternative 3'splice sites,A3SS)、互斥外显子(Mutually exclusive exons,MXE)和内含子保留(Retained introns,RI)的比例分别约为7.28％、11.18％、5.96％ 和4.84％.在F90_vs_L30、F90_vs_A3Y和L30_vs_A3Y比较组中分别鉴定到2545、2689和1701个显著的差异剪接基因(P<0.05).GO和KEGG功能富集分析显示,差异剪接基因显著富集到横纹肌发育、肌肉结构发育、肌细胞分化、肌膜、胰岛素信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路等与肌肉发育密切相关的通路上.上述结果表明可变剪接在背最长肌发育中发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马月辉	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	249	2266	26.0	35.0
2	浦亚斌	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	34	167	7.0	12.0
3	赵倩君	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	24	106	5.0	9.0
4	鲍晶晶	中国农业科学院北京畜牧兽医研究所	3	1	1.0	1.0