非小细胞肺癌A549中lncRNA-CCAT1上游调控序列的Myc结合模式预测

• 作者: 何建行 施宏辉 蒲金定
• 来源期刊: 实用癌症杂志
• 学科: 医学
• 关键词: lncRNA-CCAT1 Myc ChIPSeq ENCODE
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 874-877
• 页数: 4页
• 分类号: R734.2
• 字数: 3452字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-5930.2019.06.002

摘要

目的 探讨非小细胞肺癌中,原癌基因Myc调控lncRNA-CCAT1(结肠癌相关转录因子)上游序列的潜在位点.方法 通过GRh37 hg19人类基因组数据库确定调控区域,以及ENCODE数据库A549的各类ChIP-Seq数据可视化的Wig文件,通过UCSC基因组浏览器,分析Myc的调控普遍结合模式;组蛋白H3K27Ac活化位点和DNase敏感位点,发掘潜在的Myc结合区域,并使用序列匹配的方法,发现与Myc结合的E-box的特征性.结果 基因组分析表明ln-cRNA-CCAT1与Myc在染色体同一区域,且有证据表明Myc可以调控lncRNA-CCAT1.本研究通过ENCODE项目的ChIP Seq数据集联合序列匹配的方法查找预测了至少4个潜在的lncRNA-CCAT1上游转录因子结合区域,20多个可能的Myc结合位点.结论 经过对lncRNA-CCAT上游序列的查询,预测出Myc可能的调控序列,为ChIP-qPCR后续验证Myc调控lncRNA的模式提供理论支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蒲金定	广州医科大学呼吸疾病研究所	2	4	1.0	2.0