基于多组学数据识别癌症驱动通路的模型和算法

• 作者: 吴璟莉 蔡齐荣
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: 驱动通路 多组学数据 癌症 算法 模型
• 年，卷（期）: 2019,（9）
• 所属期刊栏目: 交叉与前沿
• 页码范围: 310-314
• 页数: 5页
• 分类号: TP301
• 字数: 6317字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11896/j.issn.1002-137X.2019.09.047

摘要

通过整合体细胞突变、拷贝数变异和基因表达等3种组学数据,提出识别癌症驱动通路的改进最大权重子矩阵模型.该模型用通路中基因平均权重调控覆盖度和互斥度,对权重大的基因集覆盖度进行加强,同时放松其高互斥度约束.引入基于贪心算法的重组算子,提出求解该模型的单亲遗传算法PGA-MWS.采用胶质母细胞瘤和卵巢癌数据集对算法PGA-MWS和GA进行实验对比分析.实验结果显示,较GA方法,基于改进模型的PGA-MWS算法能识别出覆盖度高但互斥度不太高的基因集,且其识别的基因集中,许多均参与已知信号通路,并被证实与癌细胞密切相关,同时还能识别几种潜在的候选驱动通路,因此PGA-MWS方法可作为检测癌症驱动通路的一种有效补充.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴璟莉	广西师范大学计算机科学与信息工程学院	33	224	7.0	14.0
5	蔡齐荣	广西师范大学计算机科学与信息工程学院	1	0	0.0	0.0