水稻WRKY转录因子家族的生物信息学分析

• 作者: 付泽元 曲姗姗 梁源 王鹏洋
• 来源期刊: 安徽农业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 水稻 WRKY转录因子 生物信息学 系统进化树
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 动物科学·生物技术
• 页码范围: 123-126
• 页数: 4页
• 分类号: Q943.2
• 字数: 3283字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0517-6611.2019.12.033

摘要

[目的]对水稻WRKY转录因子家族成员进行生物信息学分析,为进一步研究水稻WRKY转录因子的功能提供依据.[方法]从NCBI网站下载水稻全基因组序列,利用CDD、Blast、MEME、MEGA、ProtParam等在线工具或本地软件筛选WRKY家族成员,对所得WRKY家族成员的理化性质、系统进化亲缘关系、保守元件等项目进行生物信息学分析.[结果]共从水稻基因组中鉴定筛选出65个WRKY家族成员,每一个成员中都具有WRKYGQK的保守元件,除此之外还有一个保守锌指结构的元件存在.利用MEGA对所得WRKY家族成员进行聚类发现,65个WRKY家族成员可以分为A、B、C、D、E 5类,其中A、B、C、D 4类的亲缘关系较近,可以聚为一类;而A类相对亲缘关系较远,认为A类成员可能是长期进化过程中被保留下来的较为原始的一类.[结论]该研究较系统地鉴定了水稻WRKY家族,为进一步研究水稻WRKY转录因子功能和互作关系提供参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王鹏洋	东北林业大学生命科学学院	6	1	1.0	1.0
2	付泽元	东北林业大学生命科学学院	4	0	0.0	0.0
3	曲姗姗	东北林业大学生命科学学院	4	1	1.0	1.0
4	梁源	东北林业大学生命科学学院	3	0	0.0	0.0