肇实转录组测序及生物信息学分析

• 作者: 刘晓津 王继华 蔡时可 邓沛飞 钟春燕 黎俊荣
• 来源期刊: 中药材
• 学科: 医学
• 关键词: 肇实 转录组分析 基因注释 EST-SSR
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 资源与鉴别
• 页码范围: 2513-2518
• 页数: 6页
• 分类号: R282.71
• 语种: 中文
• DOI: 10.13863/j.issn1001-4454.2019.11.008

摘要

目的:利用高通量测序技术分析肇实转录组信息.方法:采用高通量测序平台Illumina HiSeq 2500对肇实植株的叶片和叶柄进行混合转录组测序,利用转录组分析软件进行组装、注释和遗传标记开发.结果:通过测序和分析,共得到54 088 858个原始Reads,总长8 113 328 700bp,经过滤、除杂后得到52 831 334个Clean Reads,总长7 285 427 215 bp.肇实转录组中GC含量49.71％,通过de novo组装并去冗余,获得190 889个Unigenes,N50为541 bp.与九大功能数据库比对和分析,共有89 555条约46.91％的Unigenes获得信息注释,其中3 288条基因在9个数据库中均能注释.在GO功能注释分为3大类,分别为20、26、22亚类(共68个亚类);在KEGG数据库中共发现216条代谢通路;KOG中按功能分为25个子类,获得49 976个功能注释信息.共检测到55类、24 917个植物转录因子;根据组装结果,共检测到44 584个SNP位点,7 386个InDel.结论:肇实转录组数据量大,遗传信息丰富,本研究可为深入解析肇实遗传背景、开展其功能基因组分析、分子标记开发、代谢组学研究提供参考,为肇实的综合利用与保护打下基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	蔡时可	广东省农业科学院作物研究所	32	239	10.0	14.0
2	王继华	广东省农业科学院作物研究所	23	129	7.0	11.0
3	刘晓津	广东省农业科学院作物研究所	37	247	10.0	13.0
4	邓沛飞		10	2	1.0	1.0
5	钟春燕		15	18	2.0	3.0
6	黎俊荣		7	2	1.0	1.0