1株西藏牦牛巴氏杆菌全基因组测序与比较基因组学分析

• 作者: 王一飞 索朗斯珠 罗润波 贡嘎 陈建春
• 来源期刊: 中国兽医杂志
• 关键词: 牦牛巴氏杆菌 全基因组测序 比较基因组学分析
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 调查研究
• 页码范围: 12-14,中插1
• 页数: 4页
• 分类号: S858.23
• 语种: 中文

摘要

为进一步对西藏牦牛巴氏杆菌病基因组学研究提供理论基础,从西藏林芝某地病死牦牛肺脏中分离鉴定出1株荚膜A型牦牛巴氏杆菌,并通过SMRT法对该菌株进行全基因组序列测定,对测序数据组装后基因组组分及比较基因组学进行分析.结果 显示,获得大小为2.3 Mb基因组,GC含量40.30％.同时预测2096个编码基因数量,编码基因序列总长度2 047 410 bp.预测出总长度为4 739 bp的重复序列,重复序列含量0.21％.预测非编码rRNA数量为19、tRNA数量为59.假基因数量为3,假基因总长度为736 bp.此外,对测序的1株菌株和2株参考菌株(Mannheimia haeemolytica、Pasteurella multocica)进行基因组共线性分析,显示测序菌株与参考菌株之间共线性良好.对测序的1株菌株和2株参考菌株进行家族分类,共得到2 105个基因族,其中,3株菌共有的基因族类(核心基因族)有1 483个,占总基因组的70.45％.进化分析研究显示,测序菌株与参考菌株Mannheimia haeemolytica较远.表明本研究对西藏牦牛巴氏杆菌分离菌株进行全基因测序,同时进行基因组组分及比较基因组学分析,为牦牛巴氏杆菌病的进一步研究提供数据支持.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	索朗斯珠	西藏农牧学院动物科学学院	74	142	6.0	9.0
2	贡嘎	西藏农牧学院动物科学学院	26	44	4.0	5.0
3	王一飞	西藏农牧学院动物科学学院	11	3	1.0	1.0
4	罗润波	西藏农牧学院动物科学学院	13	13	2.0	3.0
5	陈建春	西藏农牧学院动物科学学院	3	2	1.0	1.0