扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响

• 作者: 尚雪娇 张振东 杨成聪 王玉荣 葛东颖 郭壮
• 来源期刊: 食品科学
• 学科: 工学
• 关键词: 鲊广椒 引物 扩增区域 MiSeq测序 细菌多样性
• 年，卷（期）: 2019,（10）
• 所属期刊栏目: 生物工程
• 页码范围: 134-140
• 页数: 7页
• 分类号: TS201.3
• 字数: 4939字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7506/spkx1002-6630-20180529-402

摘要

在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1～V2区、V3～V4区和V4～V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响.结果发现,扩增16S rRNA基因V4～V5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V1～V2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05).虽然扩增16S rRNA基因的V3～V4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05).在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4～V5区.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张振东	湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所	46	75	6.0	7.0
2	王玉荣	湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所	27	142	6.0	11.0
3	葛东颖	湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所	14	29	3.0	5.0
4	杨成聪	湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所	17	97	5.0	9.0
5	尚雪娇	湖北文理学院食品科学技术学院鄂西北传统发酵食品研究所	19	52	4.0	6.0