Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析

• 作者: 孙朋辉 王猛 王莎莎 陈莉 靳旺杰
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 脊髓灰质炎病毒 密码子 密码子使用偏好性 自然选择
• 年，卷（期）: 2019,（24）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 13-17
• 页数: 5页
• 分类号: R373.13
• 字数: 3080字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2019.24.004

摘要

目的 分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒(简称脊灰病毒)基因密码子使用偏好性.方法 从NCBI基因数据库(GenBank)检索并筛选出40条Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,计算其相对同义密码子使用度(RSCU)值、有效密码子数(ENc)值.将Ⅰ型脊灰病毒基因中碱基C和G位于第三位的密码子占所有密码子的百分比[(C±G)3％]与ENc值进行关联性分析,绘制散点图,并与(C±G)3％标准曲线进行比较.采用主成分分析法对Ⅰ型脊灰病毒基因密码子的RSCU值进行分析,并利用分析获得的主因子绘制散点图,观察不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性.结果 Ⅰ型脊灰病毒基因密码子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密码子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5.Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值为53.633.40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于(C±G)3％标准曲线以下.2009年之前分离出来的毒株均位于图的下方,2009年之后分离于不同国家或地区的毒株分别聚集于图的一处.结论 Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA、UCA、GUG等密码子的使用上偏好性较强,在GCG、CGA、CGG、CGC、UCG、ACG等密码子的使用上偏好性较弱.Ⅰ型脊灰病毒在密码子使用偏好性上处于较弱水平.自然选择在Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性上起主要作用,不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用模式差异较大.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈莉		18	220	7.0	14.0
2	靳旺杰		7	88	4.0	7.0
3	王莎莎	中山大学中山眼科中心/眼科学国家重点实验室	5	0	0.0	0.0
4	王猛		3	12	1.0	3.0
5	孙朋辉		1	0	0.0	0.0