胶质瘤差异表达基因筛选、功能富集和相关信号通路生物信息学分析

• 作者: 张鹏 申汉威 郭杨 陈玉升 陈航
• 来源期刊: 中华医学杂志
• 关键词: 胶质瘤 生物信息学分析 基因表达数据库 信号通路
• 年，卷（期）: 2019,（29）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 2311-2314
• 页数: 4页
• 字数: 3129字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0376-2491.2019.29.013

摘要

目的 采用生物信息分析技术探讨胶质瘤(Glioma)差异表达基因筛选、功能富集和相关信号通路.方法 在基因表达谱数据库(GEO)中选取胶质瘤中相关基因表达谱芯片数据,采用R软件lima包筛选胶质瘤患者肿瘤组织和正常脑组织中差异表达基因.对筛选出的差异表达基因进行功能富集(GO和KEGG),应用采用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)分析筛选出的差异表达基因编码蛋白间的相互作用关系,分析相关信号通路.结果 选取GSE15824和GSE66354基因表达谱数据集为分析对象,筛选出差异表达超过2倍,且P＜0.05的基因158个.158个差异基因主要分子功能(MF)为整合素结合、细胞黏附分子结合、钙离子结合及AMPA谷氨酸受体活性等;细胞组分定位(CC)于细胞膜、神经元细胞体及神经细胞轴突等,而其生物学过程(BP)主要为细胞黏附、神经系统发育、细胞增殖、GTP酶活性、细胞凋亡和血管生成等;KEGG信号通路主要为cAMP信号通路、嘌呤代谢通路、MAPK信号通路及cGMP-PKG信号通路,158个差异表达基因蛋白相互作用网络中相互作用连接共177个,平均每个节点间相互作用为2.39个,聚集系数为0.37.Cytohubb筛选信号通路中的关键基因(hub基因),结果提示,SLC6A1、SLC1A2、BDNF、CAP43、NRXN1、GAD1、OLIG2、PLP1、S100B和GRIA3为相互作用蛋白网络信号通路中的关键基因.10个关键基因均与患者预后有关(P＜0.05).结论 胶质瘤患者肿瘤组织和正常组织存在差异表达基因谱,SLC6A1、SLC1A2、BDNF、GAP43、NRXN1、GAD1、OLIG2、PLP1、S100B和GRIA3为胶质瘤发生的关键基因并与患者的预后有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈航	河南省人民医院神经外科郑州大学人民医院河南大学医学院	45	132	7.0	9.0
2	陈玉升	河南省人民医院神经外科郑州大学人民医院河南大学医学院	9	25	2.0	4.0
3	张鹏	河南省人民医院神经外科郑州大学人民医院河南大学医学院	19	64	5.0	7.0
4	郭杨	河南省人民医院神经外科郑州大学人民医院河南大学医学院	5	4	1.0	1.0
5	申汉威	河南省人民医院神经外科郑州大学人民医院河南大学医学院	3	3	1.0	1.0