高通量测序中序列拼接算法的研究进展

• 作者: 周卫星 石海鹤
• 来源期刊: 计算机科学
• 学科: 工学
• 关键词: 高通量测序技术 序列拼接算法 greedy Overlap-Layout-Consensus De Bruijn Graph
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 综述
• 页码范围: 36-43
• 页数: 8页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 8985字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11896/j.issn.1002-137X.2019.05.005

摘要

高通量测序(High-throughput Sequencing,HTS)技术是继第一代测序技术之后发展起来的一种新型测序方式,又被称为下一代测序技术.与第一代测序技术中采用基于Sanger方法的自动、半自动毛细管测序方法不同,高通量测序技术采用了基于焦磷酸测序的并行测序技术,是对传统测序技术的一项重要技术突破,它不仅克服了第一代测序技术高成本、低通量、低速度的缺点,而且能满足现代分子生物学和基因组学快速发展的需求,达到低成本、高通量以及快速的目的.相较于第一代测序数据,高通量测序数据具有典型的长度短、覆盖度不均匀以及准确率低的特点,同时第三代测序技术虽保持了高通量测序技术边测序边合成的思想,但采用了更为高效的单分子实时测序技术和纳米孔测序技术,具有高通量、低成本和测序数据长的优势.因此,要获得完整的全基因组基因序列,生物学家就需要使用一种技术将短测序reads拼装成一条完整的基因单链序列.在这种情况下,序列拼接算法应运而生.首先,介绍了序列拼接算法的发展背景以及高通量测序技术的相关概念,分析了高通量测序技术在序列拼接算法中所具有的优势;其次,通过总结序列拼接算法的发展成果,按基于greedy策略、基于Overlap-Layout-Consensus(OLC)策略和基于De Bruijn Graph(DBG)策略的分类对序列拼接算法进行阐述;最后,探讨了序列拼接算法的相关研究方向和发展趋势.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石海鹤	江西师范大学计算机信息工程学院	18	111	6.0	10.0
2	周卫星	江西师范大学计算机信息工程学院	3	7	1.0	2.0