苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析

• 作者: 吴梦丽 李耀燕 杨帆 白燕远 谢阳姣 闫国跃 阿里穆斯
• 来源期刊: 中草药
• 学科: 医学
• 关键词: 苦玄参 SSR 引物开发 EST-SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 药材与资源
• 页码范围: 195-202
• 页数: 8页
• 分类号: R282.12
• 语种: 中文
• DOI: 10.7501/j.issn.0253-2670.2019.01.029

摘要

目的 研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据.方法 采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系.结果 从100对EST-SSR标记中,筛选出具有多态性的引物48对.随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增,共扩增出71个等位基因,平均每对引物3.55个.各引物间多态位点百分数(P)为0～40.7％,平均19.9％;多态信息含量(PIC)为0～0.794 1,平均0.397 7;Shannon信息指数(I)为0～1.814 3,平均0.808 4.观测杂合度(Obs Het)为0～0.442 3,平均值0.212 7;预期杂合度(Exp_Het)变化范围0～0.826 9,平均值0.455 8.18个种群群内近交系数(Fi.)值为-0.095 3～0.663 9,平均0.159 2;总群体内亚群间近交系数(Fit)值为0.062 6～0.858 7,平均0.537 2;遗传分化系数(Fst)为0～0.686,平均0.449 6.基因流(Nm)在0.114 4～0.759 4,平均值为0.306 1.各种群基因多样性指数(Net)为0～0.401 6、I为0～0.620 9,广西梧州最高,云南普洱龙潭乡最低.云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近,仅0.031 9;广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大,为0.963 8.在遗传距离0.321 3处,可将18个种群分成4个群体,其中广西3个种群归入同一群体,云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体,第3个群体为云南勐海县勐宋乡,其余种群归入第4个群体.结论 18个种群遗传分化水平不一致,各种群杂合度差异较大.种群间Nm较小,群体基因交换不大;群体内存在一定的近交率,种群亲缘关系受地理隔离影响较大.