香蕉EST-SNP标记的开发

• 作者: 刘菊华 徐碧玉 王静毅 赵涛 金志强
• 来源期刊: 江苏农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 香蕉 EST序列 SNP位点 重叠群 转换 颠换 序列比对分析 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2019,（21）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 107-110
• 页数: 4页
• 分类号: S668.101
• 字数: 3736字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15889/j.issn.1002-1302.2019.21.024

摘要

为发掘出一批香蕉的SNP位点、进一步研究香蕉的遗传关系、相关性状的定位等打下基础,从美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的dbEST数据库下载46665条香蕉EST序列,经生物信息学方法分析发掘EST-SNP位点,并对其所在核酸序列进行功能注释分析.通过对46665条EST进行拼接,共得到3490条重叠群(contigs),在含有4条以上重叠群中发现有39条重叠群中含有SNP位点,从中筛选出127个候选SNP位点,其碱基突变类型中转换、颠换分别占SNP位点总数的63.78％、36.22％.通过序列比对分析发现了34个与香蕉相关基因,证明NCBI中的香蕉EST数据库数据量大,能够发掘出SNP标记对香蕉进行品种鉴定、分类和遗传多样性分析.