糖尿病肾病相关基因筛选及生物信息学分析

• 作者: 丁敏 丁炜光 张瑶 李静波
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 糖尿病肾病 生物信息学 热休克蛋白A12A GMDS基因 CEP152基因
• 年，卷（期）: 2019,（20）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 27-30
• 页数: 4页
• 分类号: R587.2
• 字数: 2657字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2019.20.007

摘要

目的 采用生物信息学技术筛选糖尿病肾病(DN)相关基因并预测其生物学功能、信号通路.方法在基因公共表达数据库(GEO)中筛选并下载DN相关基因芯片数据,采用GEO在线分析软件GEO2R分析在DN肾组织与正常肾组织中差异表达的基因.对筛选出的差异表达基因进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEEG)分析,预测基因功能及参与的信号通路.采用蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)分析差异表达基因编码蛋白间的相互作用关系.结果筛选出9个差异表达最为显著的基因,分别为PLCE1、CLIC5、PTPRO、热休克蛋白A12A(HSPA12A)、AIF1、GMDS、SEMA5A、CEP152、FOXC1.除CEP152表达下调外,余8个基因在DN组表达上调.差异表达基因的主要分子功能涉及蛋白结合、对细胞刺激反应和细胞信号转导,主要调控细胞代谢等生物学过程.差异表达基因主要参与细胞代谢途径、甲状腺激素信号通路、Rap1信号通路、磷脂酰肌醇信号系统及肌醇磷酸代谢等信号通路.蛋白网络分析提示HSPA12A、GMDS、CEP152基因编码蛋白与其他蛋白作用关联最紧密,为蛋白-蛋白相互作用网络的中心节点.结论筛选出了9个在DN肾组织与正常肾组织中差异表达最显著的基因,其靶基因功能涉及蛋白结合、对细胞刺激反应和细胞信号转导,主要调控细胞代谢等生物学过程.HSPA12A、GMDS、CEP152基因可能是DN的关键基因,其异常表达可能共同参与了DN的发病.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁敏		8	18	3.0	4.0
2	丁炜光		6	48	3.0	6.0
3	李静波		3	12	2.0	3.0
4	张瑶		1	1	1.0	1.0