原发性皮肤恶性黑色素瘤相关miRNA筛选及其靶基因的生物信息学分析

• 作者: 李慧 王柯
• 来源期刊: 山东医药
• 学科: 医学
• 关键词: 皮肤肿瘤 恶性黑色素瘤 微小RNA 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（20）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 18-22
• 页数: 5页
• 分类号: R739.5
• 字数: 4387字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-266X.2019.20.005

摘要

目的 筛选原发性皮肤恶性黑色素瘤的相关miRNA及其靶基因,并进行生物信息学分析.方法 在GEO数据库中选择GPL15019、GPL15183芯片数据,通过GEO2R在线分析工具筛选出皮肤恶性黑色素瘤中差异表达的miRNA,两组芯片取交集后获得共同差异表达miRNA,借助miRecords平台预测miRNA靶基因.通过DAVID工具进行基因功能(GO)分析和KEGG通路富集分析预测靶基因功能和相关通路.利用STRING平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出核心基因.在比较毒物遗传学数据库中筛选能影响核心基因的化合物.结果 筛选出在皮肤恶性黑色素瘤组织中差异表达的miRNA为hsa-miR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-204和hsa-miR-429,均表达下调.差异表达miRNA的靶基因主要参与蛋白质去磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子调节、结合Ephrin受体、细胞迁移调控、卵母细胞减数分裂、心肌细胞中肾上腺素能信号转导等过程,涉及通路包括多巴胺能神经突触相关信号通路、雌激素信号通路、Hippo信号通路等.皮肤恶性黑色素瘤差异表达miRNA靶基因编码蛋白PPI网络的核心基因为PPP2CB、PLCB4、RNF138、GATAD2B、TMEM110和CLASP2.上述核心基因相关的毒物包括砷剂、二嗪农、氯化镉、黄曲霉毒素B1、三氯乙烯等.结论 皮肤恶性黑色素瘤组织中差异表达的miRNA为hsa-miR-183、hsa-miR-200a、hsa-miR-455-5p、hsa-miR-204和hsa-miR-429,其靶基因主要参与蛋白质去磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子调节及细胞迁移、细胞分裂、细胞信号转导的调控等过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李慧	河南省人民医院河南大学临床医学院	77	228	7.0	13.0
5	王柯		5	49	3.0	5.0