靶向小核RNA基因构建PCR教学实验的生物信息学分析

• 作者: 何震宇 刘妍 徐嘉琪 钟柳英
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 医学
• 关键词: 小核RNA 聚合酶链反应 教学实验
• 年，卷（期）: jsswx_2020,（3）
• 页码范围: 41-47
• 页数: 7页
• 分类号: R73

摘要

目的:探讨针对小核RNA基因,构建本科聚合酶链反应(PCR)教学实验的可行性。方法:调取NCBI数据库中小核RNA基因U1、U2、U4、U5及U6的序列,分别截取5’端和3’端部分序列作为上、下游引物,进行电子PCR,分析其靶点情况和引物效率。结果:电子PCR能清楚显示每对引物潜在的靶位点及相应PCR产物的大小。针对U1、U2、U4、U5、U6基因的引物,对应的靶位点数目分别为18、16、4、1、61,对应的PCR产物大小分别为164~166、187~188、144、117、95~108 bp。结论:针对U1、U2、U6基因的引物,其潜在的靶位点数量较多,且绝大部分靶位点的引物结合效率较好,相应的PCR扩增子长度较短,PCR容易实现,PCR连同电泳检测有望在2个小时内完成,比较适合构建本科PCR教学实验。