基于微阵列技术的缺氧/复氧诱导下血管内皮细胞转录组分析

• 来源期刊: 浙江大学学报（英文版）（B辑：生物医学和生物技术）
• 学科: 医学
• 关键词: 人脐静脉内皮细胞 缺氧 复氧 微阵列 PHLDA1 长链非编码RNA
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 页码范围: 291-304
• 页数: 14页
• 分类号: R592
• 语种: 英文

摘要

目的:应用全转录组芯片研究缺氧/复氧诱导下人脐静脉内皮细胞(HUVEC)的转录组轮廓.创新点:血管内皮细胞(VEC)缺氧/复氧损伤被视定为许多生理和病理过程中导致器官功能障碍的重要驱动因素.然而,其详细病理生理机制和基因表达谱信息尚未阐明.本研究首次应用全转录组芯片技术研究VEC缺氧/复氧诱导下的转录组轮廓.方法:采用缺氧孵育3 h后复氧1 h的HUVEC为缺氧/复氧组,同时常氧孵育的HUVEC为常氧对照组.应用含58339条探针的全转录组芯片检测每组三个样本.对差异表达基因进行生信分析和功能验证.结论:本研究发现372个有意义的差异表达基因探针.相关基因涵盖多种途径和功能,例如氧自由基的产生、钙超载、炎症、糖脂代谢、内皮细胞增殖、分化、细胞骨架及通透性调节、细胞裂解、凋亡和血管生成.另外,实验进一步表明,差异表达基因pleckstrin同源样域家族A成员1(PHLDA1)的mRNA和蛋白质表达结果与微阵列结果一致.STRING分析发现,PHLDA1可能与差异表达基因SLC38A3、SLC5A5、Lnc-SLC36A4-1和Lnc-PLEKHJ1-1具有物理性和/或功能性相互作用,这有望揭示VEC在缺氧/复氧环境下长链非编码RNA(lncRNA)的相关机制.