基于Illumina Hiseq 4000高通量测序平台的暗色唇鲮线粒体基因组特征分析

• 作者: 何安尤 吴伟军 施军 朱琼华 李育森 韩耀全 黄励
• 来源期刊: 福建农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 暗色唇鲮 线粒体基因组 结构特征 系统发育
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 动物科学
• 页码范围: 130-139
• 页数: 10页
• 分类号: Q173|Q959.46+8
• 字数: 4194字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.02.003

摘要

[目的]研究暗色唇鲮(Semilabeo obscurus)的分子遗传学特性,为暗色唇鲮种质资源遗传多样性分析和分子标记研究提供基础数据.[方法]利用高通量第二代测序技术,构建暗色唇鲮线粒体基因组全序列,分析序列的结构特征.[结果]暗色唇鲮的线粒体基因组全序列长度16598～16599 bp,GC含量42.65％～42.7％,共含有13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA(12S-rRNA和16S-rRNA)以及1个控制区.线粒体基因组除ND6外,GC-skew值均为负值,COXI、ND3以及ND6的AT-skew值为负值,其余基因的AT-skew值均为正值.暗色唇鲮的13个蛋白编码基因氨基酸总长为3794 aa,偏好密码子(RSCU>2)分别是终止密码子Arg(CGA)、Gly(GGA)、Leu(CTA)、Pro(CCA)、Ser(TCA)以及终止密码子Stp(TAA).暗色唇鲮(唇鲮属Semilabeo)与泉水鱼Pseudogyrinocheilusprochilus的亲缘关系最近,和卷口鱼Ptychidiojordani、直口鲮Rectorisposehensis、异华鲮Parasinilabeo assimilis存在较高的亲缘关系.[结论]暗色唇鲮的线粒体基因组结构和基因排列顺序与鱼类基因组典型结构和排列一致.