水稻子预44和江南香糯基因组比较鉴定稻瘟病抗性相关基因

• 作者: 刘剑宇 卓晓轩 张慧 李金璐 焦泽宇 罗琼 韩光煜
• 来源期刊: 中国水稻科学
• 学科: 农学
• 关键词: 水稻 稻瘟病 基因组测序 抗病相关基因
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 8-16
• 页数: 9页
• 分类号: S435.111.4+1|S511.034
• 字数: 6917字
• 语种: 中文
• DOI: 10.16819/j.1001-7216.2020.9066

摘要

[目的]子预44是一具有广谱持久稻瘟病抗性的云南地方粳稻品种.为了鉴定子预44中候选稻瘟病抗性相关基因,[方法]本研究利用高通量测序技术(High-throughput sequencing)对子预44和感病水稻江南香糯进行了全基因组测序.而后使用软件GATK(3.4-46)对高质量测序结果进行SNP和InDel的检测和统计,进一步筛选出子预44和江南香糯DNA水平存在SNPs/InDels多态性抗病相关基因.[结果]通过Hiseq X10 PE150平台分别获得了4118170045 bp和2995054509 bp子预44和江南香糯的基因组数据,比对到参考基因组(Ensembl release 31)的比对率分别为98.56％和98.30％.在抗病水稻子预44和感病水稻江南香糯之间鉴定了922个纯合突变的差异抗病相关基因.结合基因定位结果,在子预44中鉴定了一个新的抗稻瘟病候选基因.[结论]研究结果为子预44中抗稻瘟病新基因的克隆提供了参考,对子预44广谱持久抗瘟分子机制的研究奠定了基础.