利用生物信息学综合分析lncRNA GAS5在三阴性乳腺癌中的功能作用

• 作者: 孙刚 宋佳 芦梓楠 黄振宜
• 来源期刊: 中华内分泌外科杂志
• 关键词: 长链非编码RNA 生长停滞特异性转录本5 三阴性乳腺癌 GEO数据库 TCGA数据库 ceRNA网络
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 乳腺疾病专题论著
• 页码范围: 119-123
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.115807-20190702-00129

摘要

目的 利用生物信息学管理对乳腺癌和癌旁组织进行长链非编码RNA-生长停滞特异基因5(lncRNA GAS5)差异表达分析,以探讨GAS5对三阴性乳腺癌发生发展的影响.方法 用基因图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的乳腺癌数据分析各个乳腺癌亚型及病理分期中GAS5的表达情况.利用基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中三阴性乳腺癌数据GSE76124和GSE83937对GAS5进行相关性分析,选取相关性基因并取交集.利用所得到的正相关基因做GO功能和KEGG通路富集分析.用TCGA数据库和GEO76124数据进行GAS5的GSEA分析.选取GEO数据集GSE40525和GSE76250进行三阴性乳腺癌的差异miRNA和mRNA的筛选,通过预测,构建GAS5-miRNA-mRNA的ceRNA网络.结果 GAS5在乳腺癌各亚型组织中表达均较癌旁组织低.GAS5主要参与多种代谢进程包括有机物代谢、大分子代谢、氮化合物代谢等,在通路方面主要影响真核生物中的核糖体生物发生,WNT信号通路等.通过构建GAS5在三阴性乳腺癌中ceRNA调控网络,发现GAS5最有可能通过吸附hsa-miR-650和has-miR-532-5p调控包括SLC7A2和LONRF2在内的25个基因的表达,发挥抑癌基因的作用.结论 lncRNA GAS5可能在乳腺癌中起到抑癌基因的作用,可为乳腺癌的基因治疗提供新的治疗靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙刚	新疆医科大学附属肿瘤医院乳腺头颈外科	36	143	6.0	9.0
2	宋佳	新疆医科大学附属肿瘤医院肿瘤学防治研究所	5	1	1.0	1.0
3	黄振宜	新疆医科大学第三临床医学院	1	0	0.0	0.0
4	芦梓楠	新疆医科大学第三临床医学院	1	0	0.0	0.0