转录组解析外源ABA对玉米脱水速率的影响

• 作者: 乔江方 刘京宝 张盼盼 张美微 李川 牛军 黄璐
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 穗位叶 外源ABA 高通量转录组测序 差异表达基因 脱水速率
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·生物技术
• 页码范围: 15-26
• 页数: 12页
• 分类号: S513.03|Q78
• 字数: 11429字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20190948

摘要

为了探明迪卡517、郑单1002喷施外源ABA后脱水速率变化的分子机制,发掘影响脱水速率的关键差异表达基因及代谢通路,利用Illumina HiSeqTM2500测序仪分别对喷施ABA前后迪卡517(脱水速率较快)和郑单1002(脱水速率较慢)的穗位叶进行高通量转录组测序.原始序列经过质量控制、基因组比对、测序饱和度、基因覆盖度及冗余序列分析后进行基因功能注释.结果显示,迪卡517外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到1732个差异表达基因,其中1251个为上调表达基因,481个为下调表达基因;郑单1002外源ABA处理与正常生长条件对比组检测到52个差异表达基因,其中24个为上调表达基因;迪卡517外源ABA处理与郑单1002外源ABA处理对比组检测到3867个差异表达基因,其中1946个为上调表达基因.不同对比组中筛选到差异表达基因GO分类情况、COG基因产物分类、KEGG代谢通路分析不同.转录因子分析共获得多个重要的转录因子家族,主要有AGC蛋白激酶家族、AP2/ERF转录因子家族、ARID转录因子、AUX/IAA转录因子家族、Alfin-like转录因子、Aur转录因子家族、B3转录因子家族、BBR-BPC转录因子家族、BES1转录因子、BUB转录因子、C2 C2-CO-like转录因子等.Zm00001d035000、Zm00001d042063、Zm00001d045314等共同差异表达基因均在迪卡517和郑单1002中表达.对所有检测到的差异表达基因GO分类分析获得73个差异表达基因与水分代谢相关,推测这些基因作为外源ABA调控的下游基因起作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘京宝	河南省农业科学院粮食作物研究所	45	377	10.0	18.0
2	黄璐	河南省农业科学院粮食作物研究所	34	316	9.0	17.0
3	李川	河南省农业科学院粮食作物研究所	19	136	6.0	11.0
4	张美微	河南省农业科学院粮食作物研究所	12	29	3.0	5.0
5	张盼盼	河南省农业科学院粮食作物研究所	6	0	0.0	0.0
6	牛军	河南省农业科学院粮食作物研究所	4	0	0.0	0.0