应用简化基因组技术对富民枳遗传多样性检测

• 作者: 张珊珊 杨文忠 陈剑
• 来源期刊: 东北林业大学学报
• 关键词: 富民枳 简化基因组测序 遗传多样性分析 遗传管理
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 页码范围: 36-41
• 页数: 6页
• 分类号: S796
• 语种: 中文

摘要

富民枳是云南特有的极小种群野生植物,野生资源仅剩15株.通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析天然种群和回归种群的遗传多样性.经过遗传变异检测,共获得SNP位点491189个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5、次要基因型频率(MAF)>0.05筛选以后,得到有效SNP位点41077个.基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对富民枳完成了群体的遗传多样性分析,研究分析了富民枳天然种群和回归种群的私人等位基因数目、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(FIS)5个遗传多样性参数.结果表明,富民枳现存植株的遗传多样性较高,具有很高的遗传资源保存价值,但是回归种群的Ho值、He值、π值分别为0.3983、0.291和0.3306,分别仅是天然种群遗传多样性的87％、78％和73％,并未达到90％以上遗传多样性的标准.