香蕉miR408b靶基因Chemocyanin的克隆及其在低温胁迫下的表达分析

• 作者: 倪珊珊 刘彦英 孙雪丽 赖钟雄 陈裕坤 项蕾蕾
• 来源期刊: 果树学报
• 学科: 农学
• 关键词: 香蕉 miR408b Chemocyanin基因 低温胁迫 表达分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 种质资源·遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 29-39
• 页数: 11页
• 分类号: S668.1
• 字数: 7253字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13925/j.cnki.gsxb.20190286

摘要

[目的]研究香蕉中miR408b及其靶基因Chemocyanin在低温胁迫下的表达模式和调控机制.[方法]以三明野生蕉和'天宝蕉'叶片为材料,利用RT-PCR和RACE技术克隆获得三明野生蕉中的MiChemocyanin基因(MiCHY)和'天宝蕉'中的MaChemocyanin基因(MaCHY),利用在线网站对MiCHY进行生物信息学分析.[结果]MiCHY基因的cDNA全长为587 bp,开放阅读框381 bp,编码126个氨基酸蛋白,具有Plantacyanin结构域,属于超铜氧化还原蛋白家族.在ORF区的4～24 bp处有一处高度匹配miR408b的结合区(GCTCAGGGAAGGGGCAGTGCG).RLM-5'RACE分析表明,miR408b主要在靶序列的第7～8个碱基之间剪切靶基因MiCHY的mRNA.序列比对发现,MaCHY基因比MiCHY基因多了82 bp的序列,符合内含子的GT-AG剪切,推测发生了内含子驻留的可变剪接.保守结构域分析表明MaCHY没有Plantacyanin结构域,但也属于铜氧化还原蛋白家族.qRT-PCR结果表明,低温胁迫下,冷敏感的'天宝蕉'miR408b的表达量上升,MaCHY的表达量降低;在抗寒的三明野生蕉中,miR408b的表达量下降,MiCHY表达量上升,miR408b与MiCHY表达量呈负相关.[结论]miR408b及其靶基因MiCHY可能在香蕉响应低温胁迫中发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖钟雄	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	473	4127	31.0	41.0
2	陈裕坤	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	48	97	5.0	7.0
3	项蕾蕾	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	8	2	1.0	1.0
4	刘彦英	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	4	0	0.0	0.0
5	孙雪丽	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	14	17	2.0	4.0
6	倪珊珊	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	7	3	1.0	1.0