基于RNA-seq东北林蛙(Rana dybowskii)微卫星特征分析及应用

• 作者: 周政霖 周瑜 张秀惠 杨宝田 董丙君 迟天舒
• 来源期刊: 经济动物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 东北林蛙 微卫星位点 种群分析
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 88-93
• 页数: 6页
• 分类号: S865.93
• 语种: 中文
• DOI: 10.13326/j.jea.2019.1427

摘要

利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组进行了Next Seq500测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析.结果 表明:共获得456 669条Unigene,其中二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸比例较为平均,分别为32.25％、29.12％、27.91％.二碱基重复类型中AT/AT为优势重复单元,有6 063个,占全部二碱基重复的61.0％;三碱基重复类型中AAT/ATT为最主要的重复单元,有2 668个,占全部三碱基重复的29.7％,其次为TCC/GGA重复数,有2 211个,占全部三碱基重复的24.6％;四碱基重复类型中AAAT/ATTT占绝对优势,有2 788个,占全部四碱基重复的32.4％.按照标准对全部的Unigenes进行位点搜索,筛选出89个微卫星位点,最终选择8个位点应用于36个个体上进行等位基因分型.观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.000～0.667,0.105～ 0.926,0.099～0.921.这些位点可作为后续对东北林蛙的种群遗传、个体识别等研究的有力工具.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	董丙君	沈阳师范大学生命科学学院	18	22	3.0	4.0
2	迟天舒	沈阳师范大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0
3	周政霖	沈阳师范大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0
4	张秀惠	沈阳师范大学生命科学学院	3	0	0.0	0.0
5	杨宝田	沈阳师范大学生命科学学院	14	27	3.0	4.0
6	周瑜	沈阳师范大学生命科学学院	4	7	2.0	2.0