龙眼GRF家族全基因组鉴定及表达模式

• 作者: 刘蒲东 姚德恒 张梓浩 张舒婷 李汉生 林玉玲 苏立遥 赖钟雄 陈晓慧 陈裕坤
• 来源期刊: 应用与环境生物学报
• 关键词: 龙眼 生长调节因子(GRF) 成员鉴定 光质 激素 实时荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 236-245
• 页数: 10页
• 语种: 中文
• DOI: 10.19675/j.cnki.1006-687x.2019.06028

摘要

生长调节因子(growth regulating factor,GRF)是植物体内特有的一种转录因子,在植物生长发育、渗透胁迫中发挥重要的作用.基于龙眼基因组和转录组数据,采用生物信息学分析的方法对龙眼GRF(DIGRF)家族成员进行鉴定命名;分析其基本理化性质、基因结构、蛋白结构域、启动子序列顺式作用元件;构建系统进化树、预测可能直接调控DIGRF的miRNAs;分析DIGRF家族在龙眼非胚性及胚性培养物、组织器官、光质与激素处理下的表达水平;采用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测DIGRF的表达模式.结果显示,龙眼DIGRF家族包含9个成员,均含有QLQ和WRC保守结构域;包含2-5个外显子,以3个为主;分布于四大分支上,与甜橙、拟南芥GRF亲缘关系较近;DIGRF蛋白包含7个motif;启动子序列中包含众多光响应、激素应答、厌氧感应、胁迫响应及其他与生长发育相关的作用元件.转录组结果显示,DIGRF家族8个成员在球形胚阶段表达量高于其他阶段;各成员均在种子中有较高表达量,对蓝、白光及激素响应明显.qRT-PCR结果显示,DIGRF1-2、DIGRF2-1、DIGRF2-2、DIGRF4、DIGRF5-1及DIGRF7在球形胚阶段表达量最高;DIGRF1-1、DIGRF1-2、DIGRF2-2及DIGRF5-2在脱落酸(ABA)、茉莉酸甲酯(MeJA)和赤霉素(GA3)等激素处理中表达上调.此外,DIGRF可能受miR396a调控,调控方式为裂解靶标.本研究表明DIGRF在进化过程中保守性较高,且可能受到蓝光和激素的诱导,参与龙眼非胚性及胚性培养物尤其是球形胚及种子发育形成的过程.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖钟雄		473	4127	31.0	41.0
2	林玉玲		148	560	10.0	16.0
3	陈裕坤		48	97	5.0	7.0
4	张梓浩		37	72	5.0	5.0
5	陈晓慧		20	13	3.0	3.0
6	李汉生		12	54	3.0	7.0
7	张舒婷		11	2	1.0	1.0
8	刘蒲东		1	0	0.0	0.0
9	苏立遥		8	0	0.0	0.0
10	姚德恒		3	0	0.0	0.0