基于多平台数据识别胰腺导管腺癌预后相关肿瘤微环境基因

• 作者: 彭燕 彭莉 汤小伟 蒲垠全 马雨凡
• 来源期刊: 中华胰腺病杂志
• 关键词: 胰腺肿瘤 预后 肿瘤微环境 免疫 GEO TCGA
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 黎介寿青年优秀论文
• 页码范围: 93-101
• 页数: 9页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn115667-20200324-00044

摘要

目的 探索与胰腺导管腺癌(PDAC)相关的肿瘤微环境基因表达模块,识别影响患者预后的生物学标志物和潜在的免疫治疗靶点.方法 筛选收集来自肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库的1个包含142例PDAC患者数据集和基因表达综合(GEO)数据库的2个包含168例PDAC患者微阵列数据集(GSE2150、GSE62452)的基因表达谱数据,运用xCell网络工具对PDAC基因表达数据进行细胞类型富集分析.根据细胞富集评分中位数将TCGA的142例患者分为高分、低分2组,通过单因素生存分析确定有预后价值的细胞类型并使用GEO的数据集验证.再根据细胞类型进行基因差异表达分析及单因素生存分析确定与预后相关的差异表达基因(DEGs),并对DEGs进行功能富集分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析.同时使用GEO数据集对TCGA数据集的预后相关DEGs进行验证.最后在TISIDB数据库检索TCGA与GEO数据库的共同DEGs,并分析其与免疫系统的相关性.结果 细胞类型富集评分显示,Th1细胞和角质形成细胞在TCGA和GEO数据集中具有相同的预后价值,其高分组患者的总生存率显著低于低分组,差异均有统计学意义(P值均＜0.05).鉴定出216个预后相关DEGs,对其功能富集结果显示21个生物学过程条目中有9个与免疫过程密切相关,5条京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路中有4条与免疫过程密切相关.通过PPI网络分析,CCR7、CD27、CD5、CXCL13、ZAP70、MS4A1和CCL19被鉴定为可能与PDAC密切相关的中枢基因.通过对GEO数据集的验证,共有15个DEGs在GEO和TCGA数据集中具有相似的预后价值.检索TISIDB数据库上述15个基因结果显示,GIMAP7与PDAC的免疫过程密切相关.结论 鉴定了216个与PDAC预后相关的肿瘤微环境基因及其7个中枢基因,并提供了CCR7、CCL19、CD27、CXCL13和GIMAP7 5个新的PDAC免疫治疗潜在靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	彭燕	西南医科大学附属医院消化内科	30	83	6.0	8.0
2	彭莉	西南医科大学附属医院消化内科	3	3	1.0	1.0
3	蒲垠全	西南医科大学附属医院消化内科	3	3	1.0	1.0
4	马雨凡	西南医科大学附属医院消化内科	3	3	1.0	1.0
5	汤小伟	西南医科大学附属医院消化内科	14	25	3.0	4.0